https://youtu.be/8eEycXT4q38
Você perguntou "para onde vai a igreja do Senhor", mas isso depende do que você chama de "Igreja do Senhor". Se está se referindo a todos os salvos por Cristo, seremos todos arrebatados a qualquer momento, para nos encontrarmos com o Senhor nos ares.
Mas, se está se referindo à cristandade, essa mescla de joio e trigo, suas organizações e as assim chamadas "igrejas", isso vai permanecer aqui, de certa forma desfalcada, depois do arrebatamento dos salvos. Essa que deveria ser a noiva de Cristo (como testemunho) surpreende o apóstolo João quando ele a vê como uma meretriz em Apocalipse. O que você lê da meretriz, a Grande Babilônia, em Apocalipse é o futuro da cristandade como a forma exterior do cristianismo então vazio de seus verdadeiros salvos.
Para entender melhor o processo de degradação e apostasia, leia 1 Timóteo pensando em como Deus gostaria que o testemunho da Igreja fosse, e 2 Timóteo (última carta de Paulo) pensando em como esse testemunho acabou se tornando. O capítulo 2 de 2 Timóteo é crítico nesta análise, mostrando a necessidade do cristão se apartar da má doutrina e iniquidade que leva o nome de Cristo. Aquela que na primeira epístola a Timóteo foi chamada de "casa de Deus", aqui é chamada de "grande casa" onde há de tudo.
2Tm 2:19 Todavia, o fundamento de Deus fica firme, tendo este selo: O Senhor conhece os que são seus, e qualquer que profere o nome de Cristo aparte-se da iniqüidade.
2Tm 2:20 Ora, numa grande casa não somente há vasos de ouro e de prata, mas também de pau e de barro; uns para honra, outros, porém, para desonra.
2Tm 2:21 De sorte que, se alguém se purificar destas coisas, será vaso para honra, santificado e idôneo para uso do Senhor e preparado para toda boa obra.
2Tm 2:22 Foge, também, dos desejos da mocidade; e segue a justiça, a fé, a caridade e a paz com os que, com um coração puro, invocam o Senhor.
O capítulo 3 de 2 Timóteo fala do caráter dos homens nos últimos dias. Esses homens não são pagãos, mas "cristãos" nominais. Algumas características desse homens são o egocentrismo, a avareza (fazem comércio de seus seguidores), presunção de poder, sedutores de mulheres carregadas de desejos vários (inclusive lícitos, como dinheiro, saúde etc.) e imitação dos milagres de Deus, como fizeram os magos de Moisés, Janes e Jambres.
2Tm 3:1 Sabe, porém, isto: que nos últimos dias sobrevirão tempos trabalhosos;
2Tm 3:2 porque haverá homens amantes de si mesmos, avarentos, presunçosos, soberbos, blasfemos, desobedientes a pais e mães, ingratos, profanos,
2Tm 3:3 sem afeto natural, irreconciliáveis, caluniadores, incontinentes, cruéis, sem amor para com os bons,
2Tm 3:4 traidores, obstinados, orgulhosos, mais amigos dos deleites do que amigos de Deus,
2Tm 3:5 tendo aparência de piedade, mas negando a eficácia dela. Destes afasta-te.
2Tm 3:6 Porque deste número são os que se introduzem pelas casas e levam cativas mulheres néscias carregadas de pecados, levadas de várias concupiscências,
2Tm 3:7 que aprendem sempre e nunca podem chegar ao conhecimento da verdade.
2Tm 3:8 E, como Janes e Jambres resistiram a Moisés, assim também estes resistem à verdade, sendo homens corruptos de entendimento e réprobos quanto à fé.
2Tm 3:9 Não irão, porém, avante; porque a todos será manifesto o seu desvario, como também o foi o daqueles.
O último capítulo de 2 Timóteo é triste, pois mostra que todos acabam abandonando Paulo no final. Isso está acontecendo hoje, quando a doutrina ensinada por Paulo em suas epístolas é cada vez mais deixada de lado como "difícil de entender" para dar lugar a práticas totalmente contrárias ao que Deus nos ensina através dele. Muito do que Paulo escreveu é hoje considerado como "costumes de sua época" por não se encaixarem no modo de pensar das organizações eclesiásticas da atualidade.