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Sua dúvida é sobre a volta de Jesus e é sempre bom verificar o caráter em que a Palavra de Deus fala em cada ocasião para não ficar confuso quanto a que vinda ela está se referindo. Na passagem que citou (At 1:9-11) os anjos falam aos discípulos de Jesus no caráter de um remanescente judeu na terra. Veja que em muitas ocasiões Deus usou anjos para levar mensagens a Israel.
Neste momento da ascensão de Jesus os discípulos ainda não têm o Espírito Santo e não são igreja, já que esta só seria criada mais tarde. Eles estão no mesmo caráter em que nós os encontramos nos evangelhos, isto é, são judeus, estão na terra de Israel, têm um Templo, se reúnem nas sinagogas e cumprem suas obrigações do judaísmo.
Ats 1:9-12 E, quando dizia isto, vendo-o eles, foi elevado às alturas, e uma nuvem o recebeu, ocultando-o a seus olhos. E, estando com os olhos fitos no céu, enquanto ele subia, eis que junto deles se puseram dois homens vestidos de branco. Os quais lhes disseram: Homens galileus, por que estais olhando para o céu? Esse Jesus, que dentre vós foi recebido em cima no céu, há de vir assim como para o céu o vistes ir. Então voltaram para Jerusalém, do monte chamado das Oliveiras, o qual está perto de Jerusalém, à distância do caminho de um sábado.
Portanto, o remanescente judeu que se converter após o arrebatamento da Igreja (representado aqui pelos discípulos ainda como judeus) verá Jesus descer do céu à terra, assim como subiu da terra ao céu. Repare que Jesus estava no Monte das Oliveiras quando subiu e a profecia de Zacarias diz que é no mesmo monte que ele colocará seus pés quando voltar.
Zac_14:4 E naquele dia estarão os seus pés sobre o monte das Oliveiras, que está defronte de Jerusalém para o oriente;
Porém, em sua vinda para arrebatar a Igreja Jesus não chega à terra: é a Igreja que sobe a ele entre nuvens para um encontro com o Senhor que se dará nos ares.
1Ts 4:17 Depois nós, os que ficarmos vivos, seremos arrebatados juntamente com eles nas nuvens, a encontrar o Senhor nos ares, e assim estaremos sempre com o Senhor.
Sua outra dúvida a respeito da passagem em Atos 9:5. Ali não significa que Jesus estivesse na terra sendo perseguido depois de ter ascendido ao céu, mas que ao perseguir a Igreja Saulo estava perseguindo o próprio Senhor, já que a Igreja é o seu corpo. A passagem revela o vínculo e a intimidade que Jesus tem com a Igreja.
Ats 9:4-5 E, caindo em terra, ouviu uma voz que lhe dizia: Saulo, Saulo, por que me persegues? E ele disse: Quem és, Senhor? E disse o Senhor: Eu sou Jesus, a quem tu persegues.
A outra passagem que incluiu em suas dúvidas não fala do Senhor Jesus especificamente, mas do Espírito Santo, às vezes chamado alternadamente de Espírito de Deus e Espírito de Cristo, como em Rm 8:9: "Vós, porém, não estais na carne, mas no Espírito, se é que o Espírito de Deus habita em vós. Mas, se alguém não tem o Espírito de Cristo, esse tal não é dele". Em Filipenses 1:9 ele é chamado de "Espírito de Jesus Cristo" e na passagem que mencionou é chamado de "Espírito de Jesus" (At 16:7), apesar de algumas traduções omitirem o nome "Jesus" e colocarem apenas "Espírito".
Resumindo, Jesus subiu ao céu diante da vista de seus discípulos que representavam naquele momento o remanescente judeu fiel que o recebeu nos evangelhos e que o receberá no final da grande tribulação, tendo como ponto de partida e chegada o Monte das Oliveiras. Entre sua subida e sua volta para o mesmo monte ocorrerá o arrebatamento da Igreja, no qual os salvos de todas as eras irão ressuscitar, e os vivos serão transformados, para subirem ao encontro do Senhor nos ares.
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